Risvegliandosi in una realtà sconvolgente, Yusuke è accolto da una guida del Mondo degli Spiriti. Intanto malvagie forze ultraterrene scatenano il caos nel mondo umano.
Un gruppo di yokai ribelli ruba tre oggetti pericolosi. Mentre Yusuke cerca di gestire i suoi nuovi poteri, alcuni bambini in un parco crollano misteriosamente a terra.
Incaricato di riprendere l'ultimo oggetto pericoloso, Yusuke si infiltra in una villa. Più tardi Koenma lo fa seguire da un potente mentore per aiutarlo con l'addestramento.
Sull'isola Kubikukuri, la squadra di Yusuke si separa per affrontare i nemici. Rinchiusa in prigione, Keiko incontra Yukina ed escogita un piano di fuga.